Bước vào năm 1980, nhiều cơ sở tôn giáo tại Đà Lạt được bàn giao cho Nhà Nước quản lý, trong đó có hai Đại chủng viện là Giáo Hoàng Học Viện và Cư xá Minh Hòa.
Ngày 22.4.1980 các cha các thầy từ Cư xá Minh Hòa trở về lại mái trường Tiểu chủng viện. Từ đây nhà Simon-Hòa trở thành Chủng viện Minh-Hòa, với tổng số 28 người (8 cha, 20 thầy). Trong sinh hoạt hằng ngày, ngoài các giờ phụng vụ và đạo đức, anh em lao động buổi sáng tại nhà, buổi chiều có giờ lớp hoặc làm việc riêng. Cũng như bên Cư xá Minh Hòa, việc học có nhiều thuận lợi. Đặc biệt Chủng viện có hai thư viện khá lớn: thư viện của Giáo Hoàng Học Viện, với khoảng 50.000 đầu sách, và thư viện của Chủng viện. Về việc linh hướng, hằng tuần có cha Phi-Khanh Vương Đình Khởi dòng Phanxicô, từ tu viện tại Đàlạt, đến giúp anh em.
Để đáp ứng nhu cầu sinh hoạt, cơ sở Chủng viện được sửa chữa thêm. Đây là lần đại tu thứ hai sau năm 1975. Sau này, từ năm 2004, còn có một lần đại tu nữa cho phù hợp với điều kiện sống mới và để chuẩn bị mừng 50 năm. Tuy được sửa chữa, nhưng nhìn đại cương, cơ sở Chủng viện vẫn duy trì những nét cũ.
Đáng ghi nhớ trong thời gian này là lễ mừng Ngân khánh linh mục của Đức cha Bartôlômêô (29.6.1982). Trước lễ mừng là tuần tĩnh tâm linh mục Giáo phận được tổ chức lần đầu tiên tại Chủng viện. Anh em trong nhà có một chương trình văn nghệ nhỏ nhưng rất cảm động. Bài ca “Linh mục, đầy tớ vô dụng” lần đầu tiên được hát lên cùng với tập sách nhỏ “Mầu nhiệm Linh mục”, được in ronéo, gồm những bài nghiên cứu và suy tư thần học về chức linh mục, là “hoa quả của tình yêu dành cho Đấng Chủ Chăn vô hình là Chúa Kitô và Người chủ chăn hữu hình là Đức Giám mục”.
Trung tuần tháng 3.1983 cụ Phanxicô Xaviê Nguyễn Đức Vát (Bát), người vẫn ở Chủng viện từ trước năm 1975, được Chúa gọi về. Lần đầu chủng viện có tang lễ. Và để tỏ lòng biết ơn những người đã ngày đêm phục vụ Nhà Chúa, Đức cha Bartôlômêô đã chủ sự lễ an táng cho cụ tại nhà thờ giáo xứ Thánh Mẫu Đàlạt.
Sinh hoạt tại Chủng viện tiếp tục bình thường cho đến tháng 8.1985 khi có đợt xét duyệt lý lịch: một số anh em được đề nghị trở về gia đình. Ngôi nhà dần dần bớt người, khi các cha được Nhà Nước công nhận, lần lượt đi làm việc mục vụ trong các giáo xứ, và các thầy già đi giúp xứ.
Đầu năm 1987, Đại Chủng viện thánh Giuse Sàigòn mở cửa đón nhận các thầy thuộc Tổng giáo phận Sàigòn, Mỹ Tho, Phú Cường, Phan Thiết, Xuân Lộc và Đà Lạt. Số thầy được chấp thuận gửi đi theo học chưa nhiều nhưng cũng mở ra một giai đoạn mới. Cũng năm này, sau một thời gian dài không được phép, vào tháng 8.1987, có hai lễ phong chức linh mục được chính thức tổ chức tại Đà Lạt và Bảo Lộc, làm cho các thầy còn lại cảm thấy một tương lai tốt đẹp hơn đang hé mở.
Để có những người tiếp nối các thầy đã đi tu từ trước năm 1975, thì vào cuối thập niên 80, Chủng viện bắt đầu nhận những em mới. Những em này, từ các giáo xứ hoặc đang theo học Đại học, được các gha giới thiệu, đến tập tu tại chủng viện một thời gian lâu hay mau tùy điều kiện và hoàn cảnh.
Một sinh hoạt khác được chủng viện quan tâm đáp ứng: từng người hay từng nhóm muốn tìm một “bầu khí thinh lặng” để làm việc trí thức hay tĩnh tâm. Nhóm Các Giờ Kinh Phụng Vụ hay nhóm các cha thuộc Ủy ban Giám mục về Phụng Vụ, mỗi nhóm đã có mấy tuần làm việc tại Chủng viện.
Từ 1990 nhà nguyện Chủng viện được chọn làm nơi cử hành lễ phong chức phó tế khi có các ứng viên.
Từ năm 1992 việc nấu ăn hằng ngày được trao cho các chị thuộc Tu hội Tận hiến ICM, thay cho dì Năm đã cao niên.
Ngày 22.4.1994 Tòa Thánh loan tin Đức cha Bartôlômêô được bổ nhiệm làm Giám mục Thanh Hóa và Đức cha phó Phêrô kế vị. Trước khi lên đường nhận Giáo phận, ngày 31.5 Đức cha đã đến Chủng viện chia sẻ niềm vui tạ ơn của hai cha Giuse Trần Văn Chiến và Đaminh Nguyễn Văn Mạnh vừa mới được thụ phong. Tại đây, ngài nhắn nhủ anh em hãy giữ lấy truyền thống của Minh Hòa, nơi “toát ra một bầu khí đạo đức, hiếu khách và hiếu học”.
Khi Đức cha Phêrô chính thức coi sóc Giáo phận, cha Giám đốc Phaolô được chọn làm Tổng đại diện. Ngày 28.5.1996, Đức cha đặt cha Micae Trần Đình Quảng làm Giám đốc để cha Tổng đại diện có thể về sống tại Tòa Giám mục. Cộng tác với cha Giám đốc mới, ngoài cha Gioan B. Trần Quang Truyền và cha Giuse Giuse Trần Ngọc Liên, lần lượt có các cha Athanasiô Nguyễn Quốc Lâm, Giuse Lê Anh Tuấn, Đaminh Nguyễn Quốc Việt.
Khóa đầu tiên thuộc “thế hệ mới” ra trường vào tháng 9.1993 đã hình thành tiến trình đào tạo tiền-chủng-viện mới. Bước đầu các ứng sinh được giới thiệu đến Chủng viện để tìm hiểu. Các em có thể tiếp tục theo học cao đẳng hay đại học, trong khi đó vẫn đến Chủng viện sinh hoạt vào các buổi sáng chúa nhật và tĩnh tâm tháng. Vào năm lẻ, Chủng viện tổ chức thi tuyển với số được chọn từ 15 đến 20 người. Các em trúng tuyển sẽ vào sinh sống hai năm tại Chủng viện. Ngoài các giờ đạo đức và thiêng liêng, hằng ngày các em có giờ lao động và học tập về Giáo lý Hội Thánh Công Giáo, Dẫn vào Kinh Thánh, sinh ngữ, cổ ngữ, nhân bản và tu đức… chuẩn bị cho chương trình đại chủng viện.
Kết thúc thời gian đào tạo 2 năm, các chú được mặc áo soutane để thành chủng sinh của Giáo phận, và được sai đi giúp xứ trước khi được gửi học Đại chủng viện liên giáo phận, trước đây là Sàigòn, nay là Xuân Lộc, không kể một số được gửi đi học khóa bổ túc tại chủng viện Sao Biển Nha Trang. Từ năm tới, sau hai năm đào tạo, một nửa số các em được gửi đi học Đại chủng viện, nửa còn lại sẽ học thêm tai Mninh Hòa, chờ đến lượt.
Thông Tin Đà Lạt